過去の「感染」よって、正常な機能を失い無秩序に、そして無限に増殖する巨大な階層都市。
都市コントロールへのアクセス権を失った人類は、防衛システム「セーフガード」に駆除・抹殺される存在へと成り下がってしまっていた。
都市の片隅でかろうじて生き延びていた「電基漁師」の村人たちも、
セーフガードの脅威と慢性的な食糧不足により、絶滅寸前の危機に瀕してしまう。
少女・づるは、村を救おうと食糧を求め旅に出るが、あっという間に「監視塔」に検知され、セーフガードの一群に襲われる。
仲間を殺され、退路を断たれたその時現れたのは、“この世界を正常化する鍵”と言われている「ネット端末遺伝子」を求める探索者・霧亥（キリイ）であった。

An "infection" in the past has caused automated systems to spiral out of order, resulting in a multi-leveled city structure that replicates itself infinitely in all directions. Now humanity has lost access to the city's controls, and is hunted down and purged by the defense system known as the Safeguard. In a tiny corner of the city, a little enclave known as the Electro-Fishers is facing eventual extinction, trapped between the threat of the Safeguard and dwindling food supplies. A girl named Zuru goes on a journey to find food for her village, only to inadvertently cause doom when an observation tower senses her and summons a Safeguard pack to eliminate the threat. With her companions dead and all escape routes blocked, the only thing that can save her now is the sudden arrival of Killy the Wanderer, on his quest for the Net Terminal Genes, the key to restoring order to the world.